Walter White, brillant professeur de chimie au lycée, apprend qu'il a un cancer, alors que son premier fils est handicapé et que sa femme est enceinte. Il décide, afin de subvenir à leurs besoins avant de mourir, de fabriquer une drogue : la méthamphétamine. Il s'associe avec un ancien élève pour mettre sur pieds sur marché, mais va vite être confronté à la dure réalité du milieu.
Le trafic de Walter prend de l'importance, il doit donc trouver un surnom dans le milieu. Il devient "Heisenberg." Mais cette double vie devient de plus en plus dure à gérer, notamment avec son beau frère dans les parages et les doutes de sa femme.
Cette troisième saison lève le voile sur quelques interrogations. Skyler découvre ce que trame Walter et demande le divorce. Jesse doit lui, faire le deuil de Jane, sa petite amie décédée. Hank, le beau frère de Walter est cependant de plus en plus proche de résoudre l’énigme Heisenberg, ce qui représente un réel danger pour Walter. Afin de sauver leur peau, Jesse et Walter doivent supprimer Gale, un dealer.
